Les humains ont été forcés de quitter Pandora. Ils reviennent après plus d'une décennie avec une armada de vaisseaux lourdement armés ! Après des années de paix, Jake Sully a fondé une famille avec Neytiri. Pour lui, les enjeux sont donc encore plus importants que la dernière fois où il est entré en guerre contre la puissance corporative de la RDA.

Toujours poursuivis par Dark Vador qui tient à mener jusqu'au bout la Purge Jedi déclenchée avec l'Ordre 66, Dass Jennir et ses compagnons d'infortune d'un côté, mais aussi le Maître Jedi K'Kruhk qui protège de jeunes Padawans, tentent tous de survivre en échappant aux griffes de l'Empire. Mais le futur reste pour le moins très incertain pour ces fugitifs...

Traqué par Dark Vador qui ne cesse de lui envoyer les pires assassins, le maître Jedi Dass Jennir se réfugie dans le désert. Alors qu'il pense avoir enfin trouver un peu de répit, son amie Ember Chankeli est enlevée par des marchands d'esclaves. Il n'a d'autre choix que de sortir de l'ombre, mais attention, Falco Sang, le célèbre et dangereux mercenaire, n'est jamais loin.

Quelques mois après les événements survenus dans Star Wars : Épisode III, un soldat Clone est laissé pour mort sur un champ de bataille au cours d'un combat entre forces de la République et Séparatistes. Persuadé d'avoir été trahi par ceux qui le commandaient, il développe une haine féroce à l'encontre des Jedi. Jusqu'au jour où il lui semble déceler le leader parfait en la personne d'un certain Dark Vador.