Face aux forces Séparatistes, les Jedi et les armées de Clones défendent la République qui menace de vaciller. Ils sont impliqués dans cette grande Guerre des Clones qui met la galaxie à feu et à sang.
Les Chevaliers Jedi espèrent mener une bataille décisive sur la planète Boz Pity contre les forces Séparatistes du Comte Dooku. Pendant ce temps, Obi-Wan Kenobi s'est lancé à la poursuite d'Asajj Ventress, une Jedi passée du côté obscur de la Force que tout le monde croyait morte. Dans sa quête de vengeance, il risque cependant de mettre le destin de toute la galaxie en danger...
C'est la guerre ! La République vacille sous les assauts des forces Séparatistes menées par le Comte Dooku. Le Général Grievous n'a pas reculé devant un raid sur Coruscant, pour enlever le Chancelier Palpatine. Tandis que l'armée des droïdes séparatistes tente de fuir la capitale assiégée avec leur précieux otage, deux Chevaliers Jedi se lancent dans une mission désespérée pour secourir le Chancelier.
Il y a bien longtemps, dans une galaxie lointaine, très lointaine... Lors d'une mission sur Tatooine, le Chevalier Jedi Qui-Gon Jinn et son padawan Obi-Wan Kenobi font la rencontre d'un jeune esclave au futur très prometteur, Anakin Skywalker. La Force est déjà puissante en lui, mais la colère, son amour passionné pour la reine Amidala et son insatiable soif de pouvoir le feront basculer vers un tout autre destin...
Alors que dans la galaxie la guerre fait rage entre la République et les séparatistes, des héros disparaissent et d'anciens alliés deviennent ennemis. Cet épisode révèle comment Anakin Skywalker s'est rangé du côté obscur de la Force pour devenir Dark Vador, pourquoi les Chevaliers Jedi ont disparu, mais aussi ce qu'est devenue la mère de Leia et de Luke.