Cela fait presque une décennie que les humains ont été forcés de quitter Pandora. Mais ils sont de retour avec une armada de vaisseaux lourdement armés ! Après des années de paix, Jake Sully s'est installé avec Neytiri et a fondé une famille. Pour lui, les enjeux sont donc encore plus importants que la dernière fois où il est entré en guerre contre la puissance corporative de la RDA.

Sur la planète Tython, une organisation de moines guerriers s'efforce de maintenir la paix grâce à un mystérieux pouvoir, bientôt connu sous le nom de la Force. Mais un étranger décide de perturber ce fragile équilibre. Il est celui qui ouvrira les portes de la Galaxie à l'exploration et aux conquêtes, mais aussi au Côté Obscur et au chaos. La naissance de l'Ordre Jedi est imminente...

Après avoir miraculeusement survécu au combat qui l'opposa à Qui-Gon Jinn et à Obi-Wan Kenobi, Dark Maul fut sauvé par les sorcières de Dathomir. Il bâtit ensuite un syndicat du crime appelé le Collectif des Ombres, afin de se venger de tous ses ennemis. Mais ce faisant, il attire l'attention de son précédent maître, le maléfique Dark Sidious. Sidious parvient à vaincre son apprenti, le laissant pour mort...